# PEH, di-stearoyl-3-sn-phosphatidylethanolamine - Yifan 06/27/2006
# PEHBK, neutral tail
# PEH01, zwitterion form: +1 charge on amino group, -1 charge on carboxyl group
# PEH-1, anionic state: 0 charge on amino group, -1 charge on carboxyl group

CONFLIST PEH        PEHBK PEH01 PEH-1 

NATOM    PEHBK      98
NATOM    PEH01      35
NATOM    PEH-1      34

IATOM    PEHBK  C23 0
IATOM    PEHBK 1H23 1
IATOM    PEHBK 2H23 2
IATOM    PEHBK  C24 3
IATOM    PEHBK 1H24 4
IATOM    PEHBK 2H24 5
IATOM    PEHBK  C25 6
IATOM    PEHBK 1H25 7
IATOM    PEHBK 2H25 8
IATOM    PEHBK  C26 9
IATOM    PEHBK 1H26 10
IATOM    PEHBK 2H26 11
IATOM    PEHBK  C27 12
IATOM    PEHBK 1H27 13
IATOM    PEHBK 2H27 14
IATOM    PEHBK  C28 15
IATOM    PEHBK 1H28 16
IATOM    PEHBK 2H28 17
IATOM    PEHBK  C29 18
IATOM    PEHBK 1H29 19
IATOM    PEHBK 2H29 20
IATOM    PEHBK  C2A 21
IATOM    PEHBK 1H2A 22
IATOM    PEHBK 2H2A 23
IATOM    PEHBK  C2B 24
IATOM    PEHBK 1H2B 25
IATOM    PEHBK 2H2B 26
IATOM    PEHBK  C2C 27
IATOM    PEHBK 1H2C 28
IATOM    PEHBK 2H2C 29
IATOM    PEHBK  C2D 30
IATOM    PEHBK 1H2D 31
IATOM    PEHBK 2H2D 32
IATOM    PEHBK  C2E 33
IATOM    PEHBK 1H2E 34
IATOM    PEHBK 2H2E 35
IATOM    PEHBK  C2F 36
IATOM    PEHBK 1H2F 37
IATOM    PEHBK 2H2F 38
IATOM    PEHBK  C2G 39
IATOM    PEHBK 1H2G 40
IATOM    PEHBK 2H2G 41
IATOM    PEHBK  C2H 42
IATOM    PEHBK 1H2H 43
IATOM    PEHBK 2H2H 44
IATOM    PEHBK  C2I 45
IATOM    PEHBK 1H2I 46
IATOM    PEHBK 2H2I 47
IATOM    PEHBK 3H2I 48
IATOM    PEHBK  C33 49
IATOM    PEHBK 1H33 50
IATOM    PEHBK 2H33 51
IATOM    PEHBK  C34 52
IATOM    PEHBK 1H34 53
IATOM    PEHBK 2H34 54
IATOM    PEHBK  C35 55
IATOM    PEHBK 1H35 56
IATOM    PEHBK 2H35 57
IATOM    PEHBK  C36 58
IATOM    PEHBK 1H36 59
IATOM    PEHBK 2H36 60
IATOM    PEHBK  C37 61
IATOM    PEHBK 1H37 62
IATOM    PEHBK 2H37 63
IATOM    PEHBK  C38 64
IATOM    PEHBK 1H38 65
IATOM    PEHBK 2H38 66
IATOM    PEHBK  C39 67
IATOM    PEHBK 1H39 68
IATOM    PEHBK 2H39 69
IATOM    PEHBK  C3A 70
IATOM    PEHBK 1H3A 71
IATOM    PEHBK 2H3A 72
IATOM    PEHBK  C3B 73
IATOM    PEHBK 1H3B 74
IATOM    PEHBK 2H3B 75
IATOM    PEHBK  C3C 76
IATOM    PEHBK 1H3C 77
IATOM    PEHBK 2H3C 78
IATOM    PEHBK  C3D 79
IATOM    PEHBK 1H3D 80
IATOM    PEHBK 2H3D 81
IATOM    PEHBK  C3E 82
IATOM    PEHBK 1H3E 83
IATOM    PEHBK 2H3E 84
IATOM    PEHBK  C3F 85
IATOM    PEHBK 1H3F 86
IATOM    PEHBK 2H3F 87
IATOM    PEHBK  C3G 88
IATOM    PEHBK 1H3G 89
IATOM    PEHBK 2H3G 90
IATOM    PEHBK  C3H 91
IATOM    PEHBK 1H3H 92
IATOM    PEHBK 2H3H 93
IATOM    PEHBK  C3I 94
IATOM    PEHBK 1H3I 95
IATOM    PEHBK 2H3I 96
IATOM    PEHBK 3H3I 97
IATOM    PEH01  P   0
IATOM    PEH01  O11 1
IATOM    PEH01  O12 2
IATOM    PEH01  O13 3
IATOM    PEH01  O14 4
IATOM    PEH01  C1  5
IATOM    PEH01 1H1  6
IATOM    PEH01 2H1  7
IATOM    PEH01  C2  8
IATOM    PEH01  H2  9
IATOM    PEH01  C3  10
IATOM    PEH01 1H3  11
IATOM    PEH01 2H3  12
IATOM    PEH01  C11 13
IATOM    PEH01 1H11 14
IATOM    PEH01 2H11 15
IATOM    PEH01  C12 16
IATOM    PEH01 1H12 17
IATOM    PEH01 2H12 18
IATOM    PEH01  N   19
IATOM    PEH01 1HN  20
IATOM    PEH01 2HN  21
IATOM    PEH01 3HN  22
IATOM    PEH01  C21 23
IATOM    PEH01  O21 24
IATOM    PEH01  C22 25
IATOM    PEH01 1H22 26
IATOM    PEH01 2H22 27
IATOM    PEH01  O22 28
IATOM    PEH01  C31 29
IATOM    PEH01  O31 30
IATOM    PEH01  C32 31
IATOM    PEH01 1H32 32
IATOM    PEH01 2H32 33
IATOM    PEH01  O32 34
IATOM    PEH-1  P   0
IATOM    PEH-1  O11 1
IATOM    PEH-1  O12 2
IATOM    PEH-1  O13 3
IATOM    PEH-1  O14 4
IATOM    PEH-1  C1  5
IATOM    PEH-1 1H1  6
IATOM    PEH-1 2H1  7
IATOM    PEH-1  C2  8
IATOM    PEH-1  H2  9
IATOM    PEH-1  C3  10
IATOM    PEH-1 1H3  11
IATOM    PEH-1 2H3  12
IATOM    PEH-1  C11 13
IATOM    PEH-1 1H11 14
IATOM    PEH-1 2H11 15
IATOM    PEH-1  C12 16
IATOM    PEH-1 1H12 17
IATOM    PEH-1 2H12 18
IATOM    PEH-1  N   19
IATOM    PEH-1 1HN  20
IATOM    PEH-1 2HN  21
IATOM    PEH-1  C21 22
IATOM    PEH-1  O21 23
IATOM    PEH-1  C22 24
IATOM    PEH-1 1H22 25
IATOM    PEH-1 2H22 26
IATOM    PEH-1  O22 27
IATOM    PEH-1  C31 28
IATOM    PEH-1  O31 29
IATOM    PEH-1  C32 30
IATOM    PEH-1 1H32 31
IATOM    PEH-1 2H32 32
IATOM    PEH-1  O32 33

ATOMNAME PEHBK    0  C23
ATOMNAME PEHBK    1 1H23
ATOMNAME PEHBK    2 2H23
ATOMNAME PEHBK    3  C24
ATOMNAME PEHBK    4 1H24
ATOMNAME PEHBK    5 2H24
ATOMNAME PEHBK    6  C25
ATOMNAME PEHBK    7 1H25
ATOMNAME PEHBK    8 2H25
ATOMNAME PEHBK    9  C26
ATOMNAME PEHBK   10 1H26
ATOMNAME PEHBK   11 2H26
ATOMNAME PEHBK   12  C27
ATOMNAME PEHBK   13 1H27
ATOMNAME PEHBK   14 2H27
ATOMNAME PEHBK   15  C28
ATOMNAME PEHBK   16 1H28
ATOMNAME PEHBK   17 2H28
ATOMNAME PEHBK   18  C29
ATOMNAME PEHBK   19 1H29
ATOMNAME PEHBK   20 2H29
ATOMNAME PEHBK   21  C2A
ATOMNAME PEHBK   22 1H2A
ATOMNAME PEHBK   23 2H2A
ATOMNAME PEHBK   24  C2B
ATOMNAME PEHBK   25 1H2B
ATOMNAME PEHBK   26 2H2B
ATOMNAME PEHBK   27  C2C
ATOMNAME PEHBK   28 1H2C
ATOMNAME PEHBK   29 2H2C
ATOMNAME PEHBK   30  C2D
ATOMNAME PEHBK   31 1H2D
ATOMNAME PEHBK   32 2H2D
ATOMNAME PEHBK   33  C2E
ATOMNAME PEHBK   34 1H2E
ATOMNAME PEHBK   35 2H2E
ATOMNAME PEHBK   36  C2F
ATOMNAME PEHBK   37 1H2F
ATOMNAME PEHBK   38 2H2F
ATOMNAME PEHBK   39  C2G
ATOMNAME PEHBK   40 1H2G
ATOMNAME PEHBK   41 2H2G
ATOMNAME PEHBK   42  C2H
ATOMNAME PEHBK   43 1H2H
ATOMNAME PEHBK   44 2H2H
ATOMNAME PEHBK   45  C2I
ATOMNAME PEHBK   46 1H2I
ATOMNAME PEHBK   47 2H2I
ATOMNAME PEHBK   48 3H2I
ATOMNAME PEHBK   49  C33
ATOMNAME PEHBK   50 1H33
ATOMNAME PEHBK   51 2H33
ATOMNAME PEHBK   52  C34
ATOMNAME PEHBK   53 1H34
ATOMNAME PEHBK   54 2H34
ATOMNAME PEHBK   55  C35
ATOMNAME PEHBK   56 1H35
ATOMNAME PEHBK   57 2H35
ATOMNAME PEHBK   58  C36
ATOMNAME PEHBK   59 1H36
ATOMNAME PEHBK   60 2H36
ATOMNAME PEHBK   61  C37
ATOMNAME PEHBK   62 1H37
ATOMNAME PEHBK   63 2H37
ATOMNAME PEHBK   64  C38
ATOMNAME PEHBK   65 1H38
ATOMNAME PEHBK   66 2H38
ATOMNAME PEHBK   67  C39
ATOMNAME PEHBK   68 1H39
ATOMNAME PEHBK   69 2H39
ATOMNAME PEHBK   70  C3A
ATOMNAME PEHBK   71 1H3A
ATOMNAME PEHBK   72 2H3A
ATOMNAME PEHBK   73  C3B
ATOMNAME PEHBK   74 1H3B
ATOMNAME PEHBK   75 2H3B
ATOMNAME PEHBK   76  C3C
ATOMNAME PEHBK   77 1H3C
ATOMNAME PEHBK   78 2H3C
ATOMNAME PEHBK   79  C3D
ATOMNAME PEHBK   80 1H3D
ATOMNAME PEHBK   81 2H3D
ATOMNAME PEHBK   82  C3E
ATOMNAME PEHBK   83 1H3E
ATOMNAME PEHBK   84 2H3E
ATOMNAME PEHBK   85  C3F
ATOMNAME PEHBK   86 1H3F
ATOMNAME PEHBK   87 2H3F
ATOMNAME PEHBK   88  C3G
ATOMNAME PEHBK   89 1H3G
ATOMNAME PEHBK   90 2H3G
ATOMNAME PEHBK   91  C3H
ATOMNAME PEHBK   92 1H3H
ATOMNAME PEHBK   93 2H3H
ATOMNAME PEHBK   94  C3I
ATOMNAME PEHBK   95 1H3I
ATOMNAME PEHBK   96 2H3I
ATOMNAME PEHBK   97 3H3I
ATOMNAME PEH01    0  P  
ATOMNAME PEH01    1  O11
ATOMNAME PEH01    2  O12
ATOMNAME PEH01    3  O13
ATOMNAME PEH01    4  O14
ATOMNAME PEH01    5  C1 
ATOMNAME PEH01    6 1H1 
ATOMNAME PEH01    7 2H1 
ATOMNAME PEH01    8  C2 
ATOMNAME PEH01    9  H2 
ATOMNAME PEH01   10  C3 
ATOMNAME PEH01   11 1H3 
ATOMNAME PEH01   12 2H3 
ATOMNAME PEH01   13  C11
ATOMNAME PEH01   14 1H11
ATOMNAME PEH01   15 2H11
ATOMNAME PEH01   16  C12
ATOMNAME PEH01   17 1H12
ATOMNAME PEH01   18 2H12
ATOMNAME PEH01   19  N  
ATOMNAME PEH01   20 1HN 
ATOMNAME PEH01   21 2HN 
ATOMNAME PEH01   22 3HN 
ATOMNAME PEH01   23  C21
ATOMNAME PEH01   24  O21
ATOMNAME PEH01   25  C22
ATOMNAME PEH01   26 1H22
ATOMNAME PEH01   27 2H22
ATOMNAME PEH01   28  O22
ATOMNAME PEH01   29  C31
ATOMNAME PEH01   30  O31
ATOMNAME PEH01   31  C32
ATOMNAME PEH01   32 1H32
ATOMNAME PEH01   33 2H32
ATOMNAME PEH01   34  O32
ATOMNAME PEH-1    0  P  
ATOMNAME PEH-1    1  O11
ATOMNAME PEH-1    2  O12
ATOMNAME PEH-1    3  O13
ATOMNAME PEH-1    4  O14
ATOMNAME PEH-1    5  C1 
ATOMNAME PEH-1    6 1H1 
ATOMNAME PEH-1    7 2H1 
ATOMNAME PEH-1    8  C2 
ATOMNAME PEH-1    9  H2 
ATOMNAME PEH-1   10  C3 
ATOMNAME PEH-1   11 1H3 
ATOMNAME PEH-1   12 2H3 
ATOMNAME PEH-1   13  C11
ATOMNAME PEH-1   14 1H11
ATOMNAME PEH-1   15 2H11
ATOMNAME PEH-1   16  C12
ATOMNAME PEH-1   17 1H12
ATOMNAME PEH-1   18 2H12
ATOMNAME PEH-1   19  N  
ATOMNAME PEH-1   20 1HN 
ATOMNAME PEH-1   21 2HN 
ATOMNAME PEH-1   22  C21
ATOMNAME PEH-1   23  O21
ATOMNAME PEH-1   24  C22
ATOMNAME PEH-1   25 1H22
ATOMNAME PEH-1   26 2H22
ATOMNAME PEH-1   27  O22
ATOMNAME PEH-1   28  C31
ATOMNAME PEH-1   29  O31
ATOMNAME PEH-1   30  C32
ATOMNAME PEH-1   31 1H32
ATOMNAME PEH-1   32 2H32
ATOMNAME PEH-1   33  O32

#1.Basic Conformer Information: name, pka, em, rxn.
PROTON   PEH01      0
PKA      PEH01      0.0
ELECTRON PEH01      0
EM       PEH01      0.0
RXN      PEH01      -24.314 #PEH 2008 in 1M56

PROTON   PEH-1      -1
PKA      PEH-1      9.8 # Tsui et al. Biophys. J. 49, 459
ELECTRON PEH-1      0      
EM       PEH-1      0.0     
RXN      PEH-1      -23.578 #PEH 2008 in 1M56


# Made from Hic-up paramter file -Yifan 06/26/2006
#ONNECT   conf atom  orbital  ires conn ires conn ires conn ires conn ires conn
#ONNECT |-----|----|---------|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
#23456789A123456789B123456789C123456789D123456789E123456789F123456789G123456789H123456789I
#ONNECT   conf atom  orbital  ires conn ires conn ires conn ires conn
#ONNECT |-----|----|---------|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
CONNECT  PEHBK  C23       sp3    0  C22    0  C24    0 1H23    0 2H23
CONNECT  PEHBK 1H23         s    0  C23
CONNECT  PEHBK 2H23         s    0  C23
CONNECT  PEHBK  C24       sp3    0  C23    0  C25    0 1H24    0 2H24
CONNECT  PEHBK 1H24         s    0  C24
CONNECT  PEHBK 2H24         s    0  C24
CONNECT  PEHBK  C25       sp3    0  C24    0  C26    0 1H25    0 2H25
CONNECT  PEHBK 1H25         s    0  C25
CONNECT  PEHBK 2H25         s    0  C25
CONNECT  PEHBK  C26       sp3    0  C25    0  C27    0 1H26    0 2H26
CONNECT  PEHBK 1H26         s    0  C26
CONNECT  PEHBK 2H26         s    0  C26
CONNECT  PEHBK  C27       sp3    0  C26    0  C28    0 1H27    0 2H27
CONNECT  PEHBK 1H27         s    0  C27
CONNECT  PEHBK 2H27         s    0  C27
CONNECT  PEHBK  C28       sp3    0  C27    0  C29    0 1H28    0 2H28
CONNECT  PEHBK 1H28         s    0  C28
CONNECT  PEHBK 2H28         s    0  C28
CONNECT  PEHBK  C29       sp3    0  C28    0  C2A    0 1H29    0 2H29
CONNECT  PEHBK 1H29         s    0  C29
CONNECT  PEHBK 2H29         s    0  C29
CONNECT  PEHBK  C2A       sp3    0  C29    0  C2B    0 1H2A    0 2H2A
CONNECT  PEHBK 1H2A         s    0  C2A
CONNECT  PEHBK 2H2A         s    0  C2A
CONNECT  PEHBK  C2B       sp3    0  C2A    0  C2C    0 1H2B    0 2H2B
CONNECT  PEHBK 1H2B         s    0  C2B
CONNECT  PEHBK 2H2B         s    0  C2B
CONNECT  PEHBK  C2C       sp3    0  C2B    0  C2D    0 1H2C    0 2H2C
CONNECT  PEHBK 1H2C         s    0  C2C
CONNECT  PEHBK 2H2C         s    0  C2C
CONNECT  PEHBK  C2D       sp3    0  C2C    0  C2E    0 1H2D    0 2H2D
CONNECT  PEHBK 1H2D         s    0  C2D
CONNECT  PEHBK 2H2D         s    0  C2D
CONNECT  PEHBK  C2E       sp3    0  C2D    0  C2F    0 1H2E    0 2H2E
CONNECT  PEHBK 1H2E         s    0  C2E
CONNECT  PEHBK 2H2E         s    0  C2E
CONNECT  PEHBK  C2F       sp3    0  C2E    0  C2G    0 1H2F    0 2H2F
CONNECT  PEHBK 1H2F         s    0  C2F
CONNECT  PEHBK 2H2F         s    0  C2F
CONNECT  PEHBK  C2G       sp3    0  C2F    0  C2H    0 1H2G    0 2H2G
CONNECT  PEHBK 1H2G         s    0  C2G
CONNECT  PEHBK 2H2G         s    0  C2G
CONNECT  PEHBK  C2H       sp3    0  C2G    0  C2I    0 1H2H    0 2H2H 
CONNECT  PEHBK 1H2H         s    0  C2H
CONNECT  PEHBK 2H2H         s    0  C2H
CONNECT  PEHBK  C2I       sp3    0  C2H    0 1H2I    0 2H2I    0 3H2I 
CONNECT  PEHBK 1H2I         s    0  C2I
CONNECT  PEHBK 2H2I         s    0  C2I
CONNECT  PEHBK 3H2I         s    0  C2I
CONNECT  PEHBK  C33       sp3    0  C32    0  C34    0 1H33    0 2H33
CONNECT  PEHBK 1H33         s    0  C33
CONNECT  PEHBK 2H33         s    0  C33
CONNECT  PEHBK  C34       sp3    0  C33    0  C35    0 1H34    0 2H34
CONNECT  PEHBK 1H34         s    0  C34
CONNECT  PEHBK 2H34         s    0  C34
CONNECT  PEHBK  C35       sp3    0  C34    0  C36    0 1H35    0 2H35
CONNECT  PEHBK 1H35         s    0  C35
CONNECT  PEHBK 2H35         s    0  C35
CONNECT  PEHBK  C36       sp3    0  C35    0  C37    0 1H36    0 2H36
CONNECT  PEHBK 1H36         s    0  C36
CONNECT  PEHBK 2H36         s    0  C36
CONNECT  PEHBK  C37       sp3    0  C36    0  C38    0 1H37    0 2H37
CONNECT  PEHBK 1H37         s    0  C37
CONNECT  PEHBK 2H37         s    0  C37
CONNECT  PEHBK  C38       sp3    0  C37    0  C39    0 1H38    0 2H38
CONNECT  PEHBK 1H38         s    0  C38
CONNECT  PEHBK 2H38         s    0  C38
CONNECT  PEHBK  C39       sp3    0  C38    0  C3A    0 1H39    0 2H39
CONNECT  PEHBK 1H39         s    0  C39
CONNECT  PEHBK 2H39         s    0  C39
CONNECT  PEHBK  C3A       sp3    0  C39    0  C3B    0 1H3A    0 2H3A
CONNECT  PEHBK 1H3A         s    0  C3A
CONNECT  PEHBK 2H3A         s    0  C3A
CONNECT  PEHBK  C3B       sp3    0  C3A    0  C3C    0 1H3B    0 2H3B
CONNECT  PEHBK 1H3B         s    0  C3B
CONNECT  PEHBK 2H3B         s    0  C3B
CONNECT  PEHBK  C3C       sp3    0  C3B    0  C3D    0 1H3C    0 2H3C
CONNECT  PEHBK 1H3C         s    0  C3C
CONNECT  PEHBK 2H3C         s    0  C3C
CONNECT  PEHBK  C3D       sp3    0  C3C    0  C3E    0 1H3D    0 2H3D
CONNECT  PEHBK 1H3D         s    0  C3D
CONNECT  PEHBK 2H3D         s    0  C3D
CONNECT  PEHBK  C3E       sp3    0  C3D    0  C3F    0 1H3E    0 2H3E 
CONNECT  PEHBK 1H3E         s    0  C3E
CONNECT  PEHBK 2H3E         s    0  C3E
CONNECT  PEHBK  C3F       sp3    0  C3E    0  C3G    0 1H3F    0 2H3F 
CONNECT  PEHBK 1H3F         s    0  C3F
CONNECT  PEHBK 2H3F         s    0  C3F
CONNECT  PEHBK  C3G       sp3    0  C3F    0  C3H    0 1H3G    0 2H3G 
CONNECT  PEHBK 1H3G         s    0  C3G
CONNECT  PEHBK 2H3G         s    0  C3G
CONNECT  PEHBK  C3H       sp3    0  C3G    0  C3I    0 1H3H    0 2H3H 
CONNECT  PEHBK 1H3H         s    0  C3H
CONNECT  PEHBK 2H3H         s    0  C3H
CONNECT  PEHBK  C3I       sp3    0  C3H    0 1H3I    0 2H3I    0 3H3I 
CONNECT  PEHBK 1H3I         s    0  C3I
CONNECT  PEHBK 2H3I         s    0  C3I
CONNECT  PEHBK 3H3I         s    0  C3I

CONNECT  PEH01  P         sp3    0  O11    0  O12    0  O13    0  O14
CONNECT  PEH01  O11       sp3    0  P      0  C1
CONNECT  PEH01  O12       sp3    0  P      0  C11
CONNECT  PEH01  O13       sp3    0  P
CONNECT  PEH01  O14         s    0  P
CONNECT  PEH01  C1        sp3    0  O11    0  C2     0 1H1     0 2H1
CONNECT  PEH01 1H1          s    0  C1
CONNECT  PEH01 2H1          s    0  C1
CONNECT  PEH01  C2        sp3    0  C1     0  C3     0  O21    0  H2  
CONNECT  PEH01  H2          s    0  C2
CONNECT  PEH01  C3        sp3    0  C2     0  O31    0 1H3     0 2H3  
CONNECT  PEH01 1H3          s    0  C3
CONNECT  PEH01 2H3          s    0  C3
CONNECT  PEH01  C11       sp3    0  O12    0  C12    0 1H11    0 2H11 
CONNECT  PEH01 1H11         s    0  C11 
CONNECT  PEH01 2H11         s    0  C11 
CONNECT  PEH01  C12       sp3    0  N      0  C11    0 1H12    0 2H12 
CONNECT  PEH01 1H12         s    0  C12 
CONNECT  PEH01 2H12         s    0  C12 
CONNECT  PEH01  N         sp3    0  C12    0 1HN     0 2HN     0 3HN
CONNECT  PEH01 1HN          s    0  N   
CONNECT  PEH01 2HN          s    0  N   
CONNECT  PEH01 3HN          s    0  N   
CONNECT  PEH01  C21       sp2    0  O21    0  O22    0  C22 
CONNECT  PEH01  O21       sp3    0  C2     0  C21 
CONNECT  PEH01  C22       sp3    0  C21    0  C23    0 1H22    0 2H22 
CONNECT  PEH01 1H22         s    0  C22
CONNECT  PEH01 2H22         s    0  C22
CONNECT  PEH01  O22         s    0  C21 
CONNECT  PEH01  C31       sp2    0  O31    0  O32    0  C32 
CONNECT  PEH01  O31       sp3    0  C3     0  C31 
CONNECT  PEH01  C32       sp3    0  C31    0  C33    0 1H32    0 2H32 
CONNECT  PEH01 1H32         s    0  C32
CONNECT  PEH01 2H32         s    0  C32
CONNECT  PEH01  O32         s    0  C31 

CONNECT  PEH-1  P         sp3    0  O11    0  O12    0  O13    0  O14
CONNECT  PEH-1  O11       sp3    0  P      0  C1
CONNECT  PEH-1  O12       sp3    0  P      0  C11
CONNECT  PEH-1  O13       sp3    0  P
CONNECT  PEH-1  O14         s    0  P
CONNECT  PEH-1  C1        sp3    0  O11    0  C2     0 1H1     0 2H1
CONNECT  PEH-1 1H1          s    0  C1
CONNECT  PEH-1 2H1          s    0  C1
CONNECT  PEH-1  C2        sp3    0  C1     0  C3     0  O21    0  H2  
CONNECT  PEH-1  H2          s    0  C2
CONNECT  PEH-1  C3        sp3    0  C2     0  O31    0 1H3     0 2H3  
CONNECT  PEH-1 1H3          s    0  C3
CONNECT  PEH-1 2H3          s    0  C3
CONNECT  PEH-1  C11       sp3    0  O12    0  C12    0 1H11    0 2H11 
CONNECT  PEH-1 1H11         s    0  C11 
CONNECT  PEH-1 2H11         s    0  C11 
CONNECT  PEH-1  C12       sp3    0  N      0  C11    0 1H12    0 2H12 
CONNECT  PEH-1 1H12         s    0  C12 
CONNECT  PEH-1 2H12         s    0  C12 
CONNECT  PEH-1  N         sp3    0  C12    0 1HN     0 2HN 
CONNECT  PEH-1 1HN          s    0  N   
CONNECT  PEH-1 2HN          s    0  N   
CONNECT  PEH-1  C21       sp2    0  O21    0  O22    0  C22 
CONNECT  PEH-1  O21       sp3    0  C2     0  C21 
CONNECT  PEH-1  C22       sp3    0  C21    0  C23    0 1H22    0 2H22 
CONNECT  PEH-1 1H22         s    0  C22
CONNECT  PEH-1 2H22         s    0  C22
CONNECT  PEH-1  O22         s    0  C21 
CONNECT  PEH-1  C31       sp2    0  O31    0  O32    0  C32 
CONNECT  PEH-1  O31       sp3    0  C3     0  C31 
CONNECT  PEH-1  C32       sp3    0  C31    0  C33    0 1H32    0 2H32 
CONNECT  PEH-1 1H32         s    0  C32
CONNECT  PEH-1 2H32         s    0  C32
CONNECT  PEH-1  O32         s    0  C31 

ROTAMER  PEH   0     P  - O12  C11  C12  N
ROTAMER  PEH   1     O12- C11  C12  N
ROTAMER  PEH   2     C11- C12  N

# GROMACS charge from http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/prodrg.html
# A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004)
#HARGE   PEH01  C2I        -0.013
#HARGE   PEH01  C2H         0.013
CHARGE   PEH01  C22         0.042
CHARGE   PEH01  C21         0.437
CHARGE   PEH01  O22        -0.557
CHARGE   PEH01  O21        -0.161
CHARGE   PEH01  C2          0.239
CHARGE   PEH01  O11        -0.227
CHARGE   PEH01  P           1.106
CHARGE   PEH01  O13        -0.983
CHARGE   PEH01  O14        -0.669
CHARGE   PEH01  O12        -0.227
CHARGE   PEH01  C3          0.244
CHARGE   PEH01  O31        -0.162
CHARGE   PEH01  C31         0.435
CHARGE   PEH01  O32        -0.559
CHARGE   PEH01  C32         0.042
#HARGE   PEH01  C3E         0.006
#HARGE   PEH01  C3F         0.006
#HARGE   PEH01  C3G         0.006
#HARGE   PEH01  C3H         0.007
#HARGE   PEH01  C3I        -0.025

#terminal amino group uses Lys's charge
CHARGE   PEH01  C12         0.330
CHARGE   PEH01  N          -0.320
CHARGE   PEH01 1HN          0.330
CHARGE   PEH01 2HN          0.330
CHARGE   PEH01 3HN          0.330

# GROMACS charge from http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/prodrg.html
# A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004)
# same between PEH01 and PEH-1
CHARGE   PEH-1  C2I        -0.013
CHARGE   PEH-1  C2H         0.013
CHARGE   PEH-1  C22         0.042
CHARGE   PEH-1  C21         0.437
CHARGE   PEH-1  O22        -0.557
CHARGE   PEH-1  O21        -0.161
CHARGE   PEH-1  C2          0.239
CHARGE   PEH-1  O11        -0.227
CHARGE   PEH-1  P           1.106
CHARGE   PEH-1  O13        -0.983
CHARGE   PEH-1  O14        -0.669
CHARGE   PEH-1  O12        -0.227
CHARGE   PEH-1  C3          0.244
CHARGE   PEH-1  O31        -0.162
CHARGE   PEH-1  C31         0.435
CHARGE   PEH-1  O32        -0.559
CHARGE   PEH-1  C32         0.042
CHARGE   PEH-1  C3E         0.006
CHARGE   PEH-1  C3F         0.006
CHARGE   PEH-1  C3G         0.006
CHARGE   PEH-1  C3H         0.007
CHARGE   PEH-1  C3I        -0.025

#terminal amino group uses Lys's charge
CHARGE   PEH-1  C12         0.000
CHARGE   PEH-1  N          -0.780
CHARGE   PEH-1 1HN          0.390
CHARGE   PEH-1 2HN          0.390

RADIUS   PEH    P     1.80
RADIUS   PEH    N     1.40
RADIUS   PEH    O11   1.60
RADIUS   PEH    O12   1.60
RADIUS   PEH    O13   1.60
RADIUS   PEH    O14   1.60
RADIUS   PEH    C11   1.70
RADIUS   PEH    C12   1.70
RADIUS   PEH    C1    1.70
RADIUS   PEH    C2    1.70
RADIUS   PEH    C3    1.70
RADIUS   PEH    O31   1.60
RADIUS   PEH    O32   1.60
RADIUS   PEH    C31   1.70
RADIUS   PEH    C32   1.70
RADIUS   PEH    C33   1.70
RADIUS   PEH    C34   1.70
RADIUS   PEH    C35   1.70
RADIUS   PEH    C36   1.70
RADIUS   PEH    C37   1.70
RADIUS   PEH    C38   1.70
RADIUS   PEH    C39   1.70
RADIUS   PEH    C3A   1.70
RADIUS   PEH    C3B   1.70
RADIUS   PEH    C3C   1.70
RADIUS   PEH    C3D   1.70
RADIUS   PEH    C3E   1.70
RADIUS   PEH    C3F   1.70
RADIUS   PEH    C3G   1.70
RADIUS   PEH    C3H   1.70
RADIUS   PEH    C3I   1.70
RADIUS   PEH    O21   1.60
RADIUS   PEH    O22   1.60
RADIUS   PEH    C21   1.70
RADIUS   PEH    C22   1.70
RADIUS   PEH    C23   1.70
RADIUS   PEH    C24   1.70
RADIUS   PEH    C25   1.70
RADIUS   PEH    C26   1.70
RADIUS   PEH    C27   1.70
RADIUS   PEH    C28   1.70
RADIUS   PEH    C29   1.70
RADIUS   PEH    C2A   1.70
RADIUS   PEH    C2B   1.70
RADIUS   PEH    C2C   1.70
RADIUS   PEH    C2D   1.70
RADIUS   PEH    C2E   1.70
RADIUS   PEH    C2F   1.70
RADIUS   PEH    C2G   1.70
RADIUS   PEH    C2H   1.70
RADIUS   PEH    C2I   1.70
RADIUS   PEH   1H2I   1.00
RADIUS   PEH   2H2I   1.00
RADIUS   PEH   3H2I   1.00
RADIUS   PEH   1H2H   1.00
RADIUS   PEH   2H2H   1.00
RADIUS   PEH   1H2G   1.00
RADIUS   PEH   2H2G   1.00
RADIUS   PEH   1H2F   1.00
RADIUS   PEH   2H2F   1.00
RADIUS   PEH   1H2E   1.00
RADIUS   PEH   2H2E   1.00
RADIUS   PEH   1H2D   1.00
RADIUS   PEH   2H2D   1.00
RADIUS   PEH   1H2C   1.00
RADIUS   PEH   2H2C   1.00
RADIUS   PEH   1H2B   1.00
RADIUS   PEH   2H2B   1.00
RADIUS   PEH   1H2A   1.00
RADIUS   PEH   2H2A   1.00
RADIUS   PEH   1H29   1.00
RADIUS   PEH   2H29   1.00
RADIUS   PEH   1H28   1.00
RADIUS   PEH   2H28   1.00
RADIUS   PEH   1H27   1.00
RADIUS   PEH   2H27   1.00
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